Najwyższa Izba Kontroli przeanalizowała finanse uczelni od początku 2008 do chwili obecnej. Raport NIK ujawnił niezgodne z prawem: rozliczanie dotacji, finansowanie studiów zaocznych z dotacji na studia dzienne, nielegalne finansowanie działalności z Funduszu Świadczeń Socjalnych, nieterminowe rozpatrywanie wniosków o stypendia, brak informacji o wyniku jednego przetargu i zbyt mała liczba zajęć w Lublinie dla studentów zamiejscowych kolegiów.
Kontroli finansów lubelskiego Uniwersytetu Marii Curie-Skłodowskiej domagała się Kancelaria Sprawiedliwości Społecznej, zaangażowana w obronę zwalnianych pracowników.
