Najwyższa Izba Kontroli w raporcie opublikowanym w 2011 roku stwierdziła, że resort nauki nie egzekwuje od uczelni przestrzegania dyscypliny finansowej, np. odbiera dotacji, której uczelnie nie wykorzystały do końca roku na cel, na który została ona przyznana.
NIK skontrolowała 38 szkół wyższych, w tym 27 publicznych (na 95 nadzorowanych przez MNiSW, 28%) i 11 niepublicznych (na 335 działających, 3%), a także Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego.
Z kontroli (objęła lata: 2008, 2009 i pierwsze półrocze 2010 r.) wynika, że większość ze skontrolowanych uczelni publicznych (74%) nie prowadziła odrębnej ewidencji księgowej kosztów związanych ze studiami dziennymi oraz zaocznymi: W efekcie rektorzy nie mają wiedzy, czy prawidłowo wykorzystują i rozliczają dotacje budżetowe, które mogą być przeznaczone wyłącznie na pokrycie kosztów kształcenia studentów i doktorantów dziennych. Nie wiedzą też, czy opłaty za studia zaoczne faktycznie pokrywają ich koszty (uwzględniając w tym koszt amortyzacji i remontów) i czy nie są zbyt niskie lub zbyt wysokie, na co nie zezwalają przepisy prawa.
