Dorota Kania w tygodniku „Wprost” w 2007 r. napisała artykuł pt. „Agenci w gronostajach”, wykorzystując znajdujące się w IPN dokumenty, wskazujące na to iż Andrzej Ceynowa został zarejestrowany jako tajny współpracownik Służby Bezpieczeństwa.
W następstwie publikacji prokurator z Instytutu Pamięci Narodowej skierował do sądu wniosek w sprawie Andrzeja Ceynowy, który miał złożyć niezgodne z prawda oświadczenie lustracyjne i by przez sześć lat nie mógł on pełnić funkcji publicznych.
Sąd Okręgowy w Gdańsku uznał, że były rektor UG nie był świadomym, tajnym współpracownikiem w myśl obowiązującej ustawy; takie samo stanowisko zajął Sąd Apelacyjny. Jednocześnie sądy nie zakwestionowały autentyczności dokumentów.
Zdaniem prokuratury Andrzej Ceynowa w 1988 r. został tajnym świadomym współpracownikiem SB o pseudonimie „Lek”. Nie zachowała się jego teczka osobowa, zachowały się natomiast m.in. zapisy ewidencyjne i pisemne relacje oficera prowadzącego, który zginął kilkanaście lat temu w tajemniczych okolicznościach.
